Chơn Nguyên là tác giả, soạn giả của nhiều cuốn sách chuyên ngành về Y học như Dược học tham luận, Chẩn đoán học Y đạo, và Hoàng Đế nội kinh vốn là tác phẩm kinh điển của nền y học Đông phương đồng thời là quyển sách gối đầu giường của các bậc danh y từ cổ chí kim.